1983年起，乡、镇、村办小型印染厂采用混凝沉淀法解决废水色度及PH值，经过处理后，排放废水的两项指标基本达标，COD去除率5%左右。1998年，黎里印染厂筹资120万元，对原有日处理能力1.5吨的处理装置更新改造；丝绸印染厂日处理2.4吨的印染废水处理装置通过市环保局达标验收。

2001年9月，黎里印染有限公司在原日处理废水1.5吨基础上，又投资150余万元，新建一套日处理2.4吨废水处理设备；华联印染厂筹资120万元，新建日处理2吨的废水处理装置。2002年5月，黎里印染有限公司建造一套日处理3.8吨的生化废水处理装置。2003年，八都金球绢纺厂等绢纺企业生产过程中的污水根据要求接入八都污水厂集中处理。2005年6月，黎里镇污水处理厂第一期工程竣工运行,日处理污水能力0.25万吨；平望污水处理厂工程竣工运行,日处理污水能力1.5万吨，污水处理工艺为氧化沟加物化。10月, 桃源镇污水处理厂第一期工程竣工运行,日处理污水能力1万吨。2004～2005年，黎里印染有限公司、华联丝绸印染有限公司、佳美印染有限公司的废水处理装置运行纳入黎里镇责任制考核。2005年，全市印染水污染物COD排放量由2001年的180毫克每公斤，降低到100毫克每公斤。2006年7月，黎里镇污水处理厂租赁给吴江大西洋纺织有限公司。8月，震泽镇污水处理厂第一期工程竣工运行,日处理污水能力3万吨，污水处理工艺为氧化沟加物化。11月，七都镇生活污水处理厂第一期工程竣工运行，日处理污水能力1万吨。2007年3月，经上级审批同意，市人民政府在桃源镇铜罗社区严墓村设立印染企业循环经济试验区。试验区坚持等量搬迁、提升污水处理水平、中水回用的原则，由区内的吴江市罗森化工热电有限公司为印染企业供电、供气，印染企业的废水经污水处理厂深度处理后，再用作印染厂生产用水和热电厂的除尘用水。对入区企业实行统一规划、集中建设，最大限量地减少污水管道、蒸汽管道，形成低消耗、低排放、高效率、节约型的循环经济机制。

2008年10月，吴江大西洋纺织有限公司投资建设的第二期工程竣工运行，日处理污水能力0.25万吨。是年，平望镇污水处理厂进行二期工程建设，投资650万元，日处理污水达3万吨。是年底，黎里镇污水处理厂污水处理工艺为氧化沟加物化；桃源镇污水处理厂建成污水收集管道总长15公里，处理工艺为水解酸化—好氧生化—物化深沉，桃源海润印染有限公司、铜狮漂染有限公司、青云印染有限公司、苏州迪盛织造有限公司等15家企业的废水纳入桃源污水处理厂集中处理；七都镇生活污水处理厂污水收集管道总长10公里，处理工艺为CASS（循环活性污泥工艺），吴江市华东毛纺织造有限公司等企业的废水纳入七都镇生活污水处理厂集中处理；吴江市佰陆染织有限公司、苏州金震纺织有限公司、苏龙漂染有限公司的废水纳入震泽镇污水处理厂集中处理；平望镇19家纺织企业的废水纳入平望镇污水处理厂集中处理。是年底，全市处理丝绸工业废水的污水厂有7座，设计日处理污水能力共29.2万吨，实际年处理污水量为4273万吨。2011年3月，震泽镇污水处理厂第二期工程通过有关部门验收，出水水质达国家一级A标准，污水处理工艺为一级预处理＋二级生化处理＋三级物化处理＋四级深度处理。11月平望镇污水处理厂进行提标改造安装工程，投资300万元。